A Rajna közlekedés lehetőségeire is rányomja a bélyegét, hiszen a hatalmas folyam élvezetes sétahajózásra is lehetőséget ad, ám ennél fontosabb, hogy a város a vízi szállítás előnyeit is kihasználhatja. Bonn a közlekedés szempontjából is élhető város, a tömegközlekedés jól szervezett, modern és tiszta, köszönhetően részben a Deutsche Telekom által szponzorált járat felújításnak, amiért cserébe a villamos a cég neve után a Telekom Express nevét viseli. Egyébként a villamosok nem mutatnak egységes képet, egy részük magaspadlós, másik részük viszont alacsony padlózatú, ami a megállók kialakításánál okozott kisebb problémát. A villamossinek behálózzák az egész várost, átfutnak a Kennedy hídon is. A város a regionális közlekedés „ütőerén” fekszik, Bonnon robognak keresztül a szélvészgyors vonatok, az ICE-k (Intercity Express).